José Woldenberg ingresó en 1970 a la Facultad de Ciencias Políticas y Sociales (fcpys) de la Universidad Nacional Autónoma de México (unam), donde realizó sus estudios de licenciatura en Sociología. Es maestro en Estudios Latinoamericanos (1987) y doctor en Ciencia Política (2015), también por la fcpys. Fue galardonado con el Doctorado Honoris Causa por la Universidad de Guadalajara en el año 2006, en virtud de sus contribuciones a la democracia mexicana.
De 1985 a la fecha, ha impartido más de 50 cursos de licenciatura en la fcpys y cerca de 30 en el Programa de Posgrado en Ciencias Políticas y Sociales de la unam. Actualmente, es miembro del Sistema Nacional de Investigadores, donde cuenta con el nivel iii. Con 37 años de antigüedad docente, ha logrado formar a 17 generaciones de jóvenes politólogos, administradores públicos y sociólogos; además, ha dirigido numerosas tesis de licenciatura, maestría y doctorado, desempeñando siempre, de forma paralela a sus actividades académico-científicas, diversas responsabilidades de carácter institucional y profesional.
Ha publicado 27 libros, además de decenas de libros colectivos y artículos en revistas especializadas. Entre sus publicaciones como coautor, de la década de los setenta a finales del siglo xx, se encuentran: Estado y lucha política en el México actual, en colaboración con Mario Huacuja (1975); La clase obrera en la historia de México. Del Estado liberal a los inicios de la dictadura porfirista, con Juan Felipe Leal (1980); Una reforma electoral para la democracia. Argumentos para el consenso, en colaboración con Pedro Aguirre, Ricardo Becerra y Lorenzo Córdova (1995); Así se vota en la República. Las legislaciones electorales en los estados. Un análisis comparado, con Ricardo Becerra, Jesús Galindo y Manuel Palma (1996); La reforma electoral de 1996. Una descripción general, con Ricardo Becerra y Pedro Salazar (1997); y La mecánica del cambio político en México, también con Ricardo Becerra y Pedro Salazar (2000).
Durante dicho periodo, como autor, publicó los libros: Antecedentes del sindicalismo en México (1982); Historia Documental del spaunam (1989); Las ausencias presentes (1992); Revuelta y Congreso en la unam (1994); Memoria de la Izquierda (1998); y Violencia y política (1995) (reeditado en 2014).
De los comienzos del siglo xxi a la fecha, sus obras autorales incluyen: La construcción de la democracia (2002); Después de la transición. Gobernabilidad, espacio público y derechos (2006); Los partidos políticos y las elecciones de los Estados Unidos Mexicanos (2006); El cambio democrático y la educación cívica en México. (2007); El desencanto (2009); Nobleza obliga. Semblanzas, recuerdos, lecturas (2011); Historia mínima de la transición democrática en México (2012); Política y delito y delirio. Historia de tres secuestros (2012); México: la difícil democracia (2013); La voz de los otros (2015); La democracia como problema (Un ensayo) (2015); La concepción sobre la democracia en el Congreso Constituyente de 1916-1917 con relación al de 1856-1857 (2016); Cartas a una joven desencantada con la democracia (2017); Así suele ser la vida. Micro homenajes (2017); y En defensa de la democracia (2019).
Como escritor de una amplia literatura especializada en los temas del sindicalismo, la clase obrera, los acontecimientos derivados de los movimientos sociales y estudiantiles, el papel de la izquierda en México y las reformas electorales, se ha interesado en el pulso del cambio político en México, a partir del estudio de la transición a la democracia, la gobernabilidad, el espacio público y los derechos políticos. La originalidad de sus contribuciones, consiste en que sus aportaciones no se encuentran en el terreno de la abstracción teórica, sino en la explicación del funcionamiento real de las instituciones, inmersas en una serie de prácticas y relaciones políticas y sociales.
Desde muy joven, participó activamente en el proceso que llevó a la constitución de un sindicato de profesores universitarios y, en 1974, fue miembro fundador del Sindicato del Personal Académico de la unam (spaunam). Tres años más tarde, el spaunam se fusionó con el Sindicato de Trabajadores y Empleados de la unam para dar origen al Sindicato de Trabajadores de la Universidad Nacional Autónoma de México, del cual fue un dirigente destacado. Continuando con su activismo sindical, participó también en la constitución del Movimiento de Acción Popular entre 1979 y 1980.
Se desempeñó como presidente fundador del Instituto de Estudios para la Transición Democrática de 1989 a 1994. Fue consejero ciudadano del Consejo General del entonces Instituto Federal Electoral de 1994 a 1996, así como presidente de dicho órgano colegiado de 1996 al año 2003. En el plano académico, además de profesor e investigador, es consejero de la Fundación unam, miembro de la Junta de Gobierno del Colegio de Sonora y del Consejo Técnico Consultivo del Instituto Nacional de Estudios Históricos de la Revolución Mexicana.
Ha colaborado en distintos periódicos, entre los que destacan unomásuno, La Jornada, Reforma, La opinión (Los Ángeles, California) y El Diario de Yucatán. De igual forma, ha participado en diversos semanarios, como Punto y Aparte, y en revistas como Etcétera. Actualmente, es colaborador del periódico El Universal (semanalmente) y de la revista Nexos (mensualmente).
En medios de comunicación electrónica, ha participado en el programa Zona Abierta de Televisa; fue conductor de la serie La Transición Española, transmitida por el Canal 22 en el año 2004; y autor de la adaptación radiofónica de la radionovela Así asesinaron a Trotski, de Radio unam en 2005. En este ámbito, su trabajo más relevante fue la coautoría y conducción de la serie de televisión México: La historia de su democracia, producida por Televisa en 2005, trabajo que le mereció el Premio Nacional de Periodismo y otros premios internacionales.
Por su brillante trayectoria académica y la importancia de sus contribuciones, el doctor Isaac José Woldenberg Karakowsky es honorable ganador del Premio Universidad Nacional 2020 en el área de Docencia en ciencias sociales.